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四川汉族人群个常染色体基因座多态性及法医学
作者:网站采编关键词:
摘要：短串联重复（short tandem repeat，STR）在人类基因组中分布广泛，是一类具有高度多态性的核苷酸序列，具有易于检测、分型准确快速、自动化和标准化程度高等特点，现已广泛应用于法医
短串联重复（short tandem repeat，STR）在人类基因组中分布广泛，是一类具有高度多态性的核苷酸序列，具有易于检测、分型准确快速、自动化和标准化程度高等特点，现已广泛应用于法医学个体识别、亲子鉴定和群体遗传学研究。为保证DNA数据库的有效性和可比对性，目前大部分商品化STR试剂盒均包含美国联邦调查局（Federal Bureau of Investigation，FBI）推荐的13个DNA联合索引系统（combined DNA index system，CODIS）STR基因座。中国作为世界上人口最多的国家，拥有最大的国家执法DNA数据库，获得不同地区不同民族的STR基因座的基因分型和频率对数据库的建设和STR基因座在该人群中的科学准确应用至关重要。
本研究采用Goldeneye?DNA身份鉴定系统20A对1 201例四川汉族无关个体的19个STR基因座（D19S433、D5S818、D21S11、D18S51、D6S1043、D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1P0、Penta D、vWA、D8S1179、TPOX、Penta E、TH01、D12S391、D2S1338、FGA）的遗传多态性进行检测分析，并与我国其他12个已报道群体的遗传关系进行比较，评估其个体识别、亲子鉴定和群体遗传学研究中的法医学应用价值。
1 材料与方法
1.1 样本
经知情同意，随机采集四川各地区1201例（男性674例，女性527例）汉族无关个体血样1mL，乙二胺四乙酸（ethylene diamine tetraacetic acid，EDTA）抗凝。
1.2 实验方法
采用Chelex-100法提取基因组DNA。根据试剂盒说明书，采用Goldeneye?DNA身份鉴定系统20A［基点认知技术（北京）有限公司］对19个常染色体STR基因座进行分型，在9700型PCR仪（美国Applied Biosystems公司）上进行PCR扩增。PCR扩增产物在3500xL基因分析仪（美国Applied Biosystems公司）进行电泳分离，原始数据采用GeneMapper?ID-X软件（美国Thermo Fisher Scientific公司）进行等位基因分型。检测时，以9947A DNA为阳性对照，以纯水为阴性对照。
1.3 统计学分析
采用Modified-Powerstate软件[1]进行统计学分析，获得四川汉族人群19个STR基因座的等位基因频率、等位基因数量、杂合度（heterozygosity，HE）、个体识别率（discrimination power，DP）、匹配概率（matching probability，MP）、多态信息含量（polymorphism information contents，PIC）、三联体非父排除率（probability of exclusion of trios-testing，PEtri），二联体非父排除率（probability of exclusion of duos-testing，PEduo），进行Hardy-Weinberg平衡检验，并计算累积个体识别率（cumulative discrimination power，CDP）、累积三联体非父排除率（cumulative probability of exclusion of trios-testing，CPEtri）和累积二联体非父排除率（cumulative probability of exclusion of duos-testing，CPEduo）。与其他12个已报道群体[2-13]共有的19个基因座进行比较，采用Phylip 3.695软件包（Joe Felsenstein编制）计算群体间的Nei’s遗传距离（Rst），应用SPSS 19.0[14]（美国IBM公司）进行多维尺度（multidimensional scaling，MDS）分析和主成分分析（principal component analysis，PCA），应用Mega 7.0软件包[15]分析并构建相邻连接（neighbour-joining，NJ）系统发生树。
2 结 果
2.1 等位基因频率分布
1 201例四川汉族无关个体中，19个STR基因座的等位基因及等位基因频率见表1。共检出245个等位基因，其频率分布于0.0004～0.5291。
表1 四川汉族群体19个STR基因座的等位基因频率Tab.1 Allele frequencies of 19 STR loci in Sichuan Han population （n=1201）D19S433等位基因9 10 11 12 12.2 13 13.2 14 14.2频率0.0004 0.0004 0.0067 0.0396 0.0054 0.2943 0.0500 0.2402 0.1082 D21S11等位基因27 27.2 28 28.2 29 29.2 30 30.2 30.3频率0.0008 0.0004 0.0483 0.0096 0.2635 0.0021 0.2685 0.0112 0.0029 D13S317等位基因D8S1179等位基因6 7 8 9 1 0 8 9 1 0 11 12 13 14频率0.0004 0.0025 0.3077 0.1511 0.1445 0.2086 0.1353 0.0400 0.0087 11 12 13 14 15 16频率0.0004 0.0004 0.1236 0.0974 0.1236 0.2040 0.1857 0.1778 0.0712 vWA等位基因13 14 15 16 17 18 19 20 21频率0.0025 0.2560 0.0341 0.1644 0.2398 0.1894 0.0974 0.0142 0.0021
续表1Continued 等位基因15 15.2 16 16.2 17 17.2 18.2 D5S818等位基因频率0.0737 0.1353 0.0087 0.0321 0.0004 0.0042 0.0004 7 8 9 1 0 11 12 13 14 D18S51等位基因10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 28 D3S1358等位基因12 13 14 15 16 17 18 19频率0.0225 0.0058 0.0762 0.1998 0.3072 0.2386 0.1386 0.0112频率0.0017 0.0021 0.0429 0.1769 0.2186 0.1774 0.1303 0.0770 0.0491 0.0408 0.0258 0.0233 0.0221 0.0062 0.0029 0.0025 0.0004频率0.0008 0.0004 0.0383 0.3439 0.3147 0.2352 0.0624 0.0042 D21S11等位基因31 31.2 32 32.2 33 33.1 33.2 34 34.2 D6S1043等位基因频率0.0974 0.0754 0.0283 0.1366 0.0042 0.0004 0.0425 0.0012 0.0067 8 9 1 0 11 12 12.3 13 14 15 16 17 17.3 18 18.2 19 20 20.3 21 21.3 22.3 D7S820等位基因频率0.0008 0.0012 0.0291 0.1170 0.1249 0.0008 0.1216 0.1520 0.0200 0.0017 0.0404 0.0008 0.1765 0.0025 0.1511 0.0483 0.0017 0.0075 0.0012 0.0008 7 8 9 9.1 9.2 9.3 10 10.1 11 12 13 14频率0.0012 0.1461 0.0620 0.0042 0.0008 0.0004 0.1628 0.0017 0.3522 0.2261 0.0375 0.0050 D13S317等位基因16 D16S539等位基因频率0.0012 7 8 9 1 0 11 12 13 14频率0.0004 0.0058 0.2490 0.1232 0.2694 0.2327 0.1032 0.0162 CSF1PO等位基因7 8 9 1 0 11 12 13 14 15 Penta D等位基因6 7 8 9 1 0 11 12 13 14 15 16 TPOX等位基因7 8 9 1 0 11 12 13频率0.0054 0.0029 0.0458 0.2373 0.2498 0.3789 0.0679 0.0112 0.0008频率0.0021 0.0117 0.0491 0.3405 0.1245 0.1407 0.1682 0.1191 0.0300 0.0117 0.0025频率0.0008 0.5291 0.1241 0.0196 0.3052 0.0208 0.0004 D8S1179等位基因17 18 Penta E等位基因4 4.1频率0.0137 0.0021 5 7 8 9 1 0 11 12 13 14 15 16 17 18 18.4 19 19.4 20 21 22 23 24 25 26 27 D12S391等位基因15 16 17 18 18.3 19 19.3 20 21 22 23 24 25 26频率0.0004 0.0004 0.0512 0.0008 0.0071 0.0104 0.0458 0.1545 0.1224 0.0562 0.0870 0.0849 0.0833 0.0649 0.0612 0.0012 0.0558 0.0012 0.0508 0.0237 0.0187 0.0087 0.0062 0.0012 0.0012 0.0004频率0.0133 0.0079 0.0808 0.2281 0.0008 0.2023 0.0004 0.1736 0.1257 0.0920 0.0466 0.0179 0.0079 0.0025 TH01等位基因5 6 7 7.3 8 9 9.3 10 12 D2S1338等位基因15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 FGA等位基因18 19 20 20.2 21 21.2 22 22.2 23 23.2 24 24.2 25 25.2 26 27 28频率0.0004 0.0958 0.2727 0.0008 0.0508 0.5025 0.0387 0.0379 0.0004频率0.0004 0.0129 0.0654 0.1153 0.1928 0.1207 0.0333 0.0529 0.1903 0.1395 0.0654 0.0087 0.0021 0.0004频率0.0246 0.0550 0.0550 0.0004 0.1141 0.0042 0.1828 0.0042 0.2136 0.0075 0.1603 0.0112 0.1012 0.0042 0.0462 0.0112 0.0033
文章来源：《四川建材》 网址: http://www.scjczz.cn/qikandaodu/2021/0315/1004.html